当方の制作環境では、吉里吉里(ver 2.30, 2.32)で、restoreBookMark や copyBookMark を何回も繰り返しているとエラー落ちします(同じ操作をするかぎり、ほぼ毎回同じタイミングでエラーが出る)。
「文字列メモリブロックを確保できません」とか、「モジュール"krkr.eXe"のアドレス XXXXXXXX でアドレス XXXXXXXX に対する書き込み違反がおきました」とかそういうエラーがでます。
ググッたところ、商業作品でも出る時は出るエラーみたいなので正直お手上げと考えていたのですが、吉里吉里Zで同じ操作を試した所、こちらは全くエラーが出ずに意図した通りのセーブ・ロードの挙動を取ってくれました。
最終的に、上手い回避策が見つからなかった場合は、吉里吉里Zの方が安定していていいかもしれないですね。